Lennonjohtaja, UAV:n aivot, on vastuussa lentotietojen käsittelystä ja lentokomentojen suorittamisesta. Huippuluokan-lennonohjaimissa on tyypillisesti useita lentotiloja (kuten GPS-paikannus- ja asentotilat) ja älykkäät esteiden välttämisominaisuudet, joten ne sopivat ammattikäyttöön. GPS-moduuli tarjoaa tarkat paikannustiedot, mikä on erityisen tärkeää skenaarioissa, jotka vaativat suurta-tarkkuutta, kuten ilmakuvauksessa ja maanmittauksessa.
